Произходът, етническата и езиковата принадлежност на прабългарите били обект на продължителни научни дискусии, които не довели до единно категорично становище.
Поради несигурността относно произхода на прабългарите били изказани около 17 хипотези. Те били плод на изследвания на различни авторитети, поради оскъдната информация отбелязана в най-ранните исторически извори. Хипотезите били за:
хунски, фино-чудски, автохтонен(или тракийски), славянски, татарски, угро-фински, памиро-фергански, урало-алтайски произход и други. Някои научни трудове възраждат друга хипотеза, според която прабългарите са смесено хунско-иранско население. В съвременната историография за най-достоверни се считат две хипотези - за памиро-ферганския им произход(индоевропейци от иранската група народи) и за тюркско-алтайския им произход – теория на Ал.Бурмов.
Теорията за тюркско-алтайския произход на прабългарите печели много привърженици. Тя се наложила в началото на XX-ти век и е най-разпространена досега. От една страна, тя сближава българите с татаро-монголите, обитаващи земите на Западен Сибир, а от друга - открива етническо родство с хуните. В някои авторитетни западни енциклопедии етнонимът „татаро-монголски“, служи за обозначение на българите, въпреки че монголската етимология на думата „татар“ означава чужденец.
В „Именник на българските ханове“ всички числителни имена са от тюркски произход. Този факт служи като доказателство за българското родство с хуните. Според друга теория, която опровергава това твърдение, прабългарите и хуните били народи, които се отделили от етническата си среда четири века преди обособяването й като тюркско-алтайска общност.
Прието е за прародина на прабългарите, като част от тюркско-алтайската общност към която спадат още хуни, хазари, авари, печенеги, кумани и други, да се търси в територията на планината Алтай – Централна Азия. По-конкретно това е областта на Западен Сибир по долината на река Иртиш. Информация за прародината на прабългарите можем да открием и в редица исторически извори: „Анонимен римски хронограф“, „История на Арменски“ на Моисей Хоренски, „Римска история“ на Павел Дякон, „Похвално слово за крал Теодорих“ на Енодий и други.
По-ясно древната история на прабългарите започва да се очертава около средата на II-III-ти век и през IV-VII-ми век в хода на едно мащабното и интензивно по своята същност явление, характерно за този период, наречено Велико преселение на народите.Увлечени от движението на хуните около средата на II-ри век, прабългарите започват да се придвижват от Азия към Европа. По-голямата част от тях се установяват в района на Приазовието и Прикаспието, северно от Кавказ, около река Кубан и Азовско море до река Днепър. Според готския историк Йорданес селищата на прабългарите се простират под Понтийско море – днешното Черно море. В тези земи прабългарите заварили поселения от по-старото сармато-аланско население, които постепенно асимилирали. В този район те имали постоянен досег с хуни, хазари и авари, поселенията на ранна Византия и с антите. Около средата на IV-ти век прабългарите вече се споменават със съответното си народностно наименование – „булгари“ в „Анонимния римски хронограф“ от 354 година. Според арменски извори прабългарите се делят на четири основни племенни групи: Купи-болгар, Дучи-болгар, Олхонтор-болгар, Чуар-болгар.
Със заселването на прабългарите в Приазовието и Прикаспието се осъществява процесът на тяхното първоначално обособяване и формиране като самостоятелен етнос. Неговото протичане в периода II-VII-ми век отбелязва и началния етап от държавообразувателния процес на българите.